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  克隆位点选择的问题。首先要对目标基因进行酶切位点扫描分析,列出其所含酶切位点清单。然后对照质粒多克隆位点,所选择的克隆位点必须是目标基因所不含的酶切位点。双酶切时尽量选择酶切温度相同,buffer一致,双酶切效率高的两个内切酶,二者最好是您实验室常用的酶。保护碱基数目的问题。在设计PCR引物时,引入酶切位点后,常常要加入保护碱基,这是大家所熟知的。但保护碱基数量多少,可能被新手所忽视。这种忽视可能会大大影响后续的实验进展。可以参考常用酶切位点保护碱基,选择酶切时间短且酶切效率高的碱基。

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